שחיטת העופות בכשרות בד"ץ חוג חתם סופר פתח תקווה נעשית בפס ייצור מיוחד דרך מפעל "עוף ירושלים". מאז מונה הרב פדווא שליט"א לרבה הפוסק של הכשרות, נעשו שינויים מהותיים בתוך ליין הכשרות. מלבד ראש הצוות המפקח על השוחטים והבודקים, הנהיג הרב פדווא שינויים רבים כגון הוספת מפקח נוסף מטעם מערך הבד"ץ שתפקידו לערוך ביקורות מעת לעת ולהעביר לרב את רישומיו. 

נושא השחיטה מצריך הבנה מעמיקה בסוגיה הסבוכה בטבע בעלי החיים, במסורת ודקדוקי הלכה. ואכן, בקיאותו של הרב פדווא בנושא שחיטת עופות הביאה את חותמת הכשרות של בד"ץ חוג חתם סופר פתח תקווה לקדמת עולם הכשרות, ומאפשרת לציבור יראי ה' לרכוש מוצרי עוף ברמת הידור של "לכתחילה", ובמחיר שווה לכל נפש. 

בנוסף, משלחות של משגיחים יראי שמיים נשלחות למשחטות ייעודיות בדרום אמריקה, שם מתבצעת שחיטת בקר. משחטות אלו הותאמו במיוחד לדרישות ההלכה היהודית הקפדניות. הרב אף טרח ונסע בעצמו למשחטות אלו כדי לבחון מקרוב את כל פרטי השחיטה ולוודא שהיא מתבצעת בהתאם להלכה המחמירה ביותר.